引起口腔潰瘍的原因大致為外傷、放射線或化學治療、鵝口瘡、口腔癌等因素。
(1) 外傷:外傷性潰瘍占所有口腔潰瘍的最大比例。常見的原因是牙齒的咬傷，特別是排列不齊的牙齒最容易發生這種現象。另外，齲作不良的義齒或斷裂牙齒尖的尖銳面，也常會刺傷附近的口腔黏膜。這類潰瘍只要除去誘發原因，一般傷口會在1周內癒合,在治療上,患者可用消炎止痛的藥膏或藥水塗抹患處，防止感染。
(2) 放射性或化學治療：頭部或頸部因癌症接受放射性治療,或在化療期間，正常的口腔黏膜細胞因放射線或藥物的傷害，白細胞減少而發生全口廣泛性的潰瘍。嚴重時，患者會出現吞咽疼痛和吞咽困難，甚至要靠鼻胃管進食。這類口腔潰瘍，重點在於注意口腔衛生，防止潰瘍傷口感染而引發敗血症。醫生一般會給予抗生素及止痛藥漱口水。一般情況下，在放射性治療或化療結束後2〜4周，潰瘍會逐漸改善。
(3) 鵝口瘡:一般人認為是“火氣大”，實際上是一種感染性疾病，多由白色念珠菌引起的，其發生與免疫力下降有關，它的發生僅次於外傷性潰瘍。臨床上表現為反復性、多發性,就是重複出現即同時幾處潰瘍，而且非常痛。鵝口瘡的潰瘍表面平坦，周圍有一圈紅暈。研究認為，鵝口瘡常與患者免疫能力改變或過度勞累及精神壓力過大有關。另外，病毒感染也是一種因素。通常1周左右鵝口瘡會自愈。出現時，塗抹一些含有激素成分的口內膏，對患處有療效。
(4) 口腔癌：口腔癌除了以腫塊出現以外，也可能出現口腔潰瘍。可是這類潰瘍周圍常會出現邊緣硬化，而且潰瘍中心組織會呈現疣狀或菜花狀的表面。癌症導致的口腔潰瘍不會自行癒合，而且範圍日益擴大。隨意在上面塗抹藥物有時反而會刺激其加速生長。
其他因素:包括糜爛型口腔扁平苔薛、紅斑狼瘡等自身免疫性疾病或病毒、真菌感染，以及藥物毒性反應引起的綜合征。
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