在聚焦顯微鏡下觀察牙菌斑生物膜，可見不同生物量的細菌群體被獲得性薄膜和胞外基質包裹著，內部為大小不等的水性通道，通道內有液體流動。細菌群體內幾乎無氧，為厭氧生存環境，而在各層水性通道內發現有效濃度的溶解氧，鄰近水性通道的細菌需氧生存，這種差異使同一生物膜內的細菌能和諧地生活在一起。在牙菌斑生物膜中，有機和無機的固體成分約占20%,水占80%；細菌約占固體成分的70%o有機成分中包括細菌及其代謝產物、上皮細胞和白細胞等，無機成分包括鈣、磷、鎂、鉀等。
(1)齦上菌斑(supragingivalplaque)。齦上菌斑位於齦緣冠向牙面上。清潔牙幾個小時後，細菌在牙表面繁殖，主要為革蘭陽性球菌、桿菌以及放線菌。48小時以後，各種細菌的比例有所改變，以革蘭陰性球菌、桿菌佔據優勢，且細菌的數量逐漸增多。大約4天以後，梭桿菌及絲狀菌增殖。
(2)齦下菌斑(subgingivalplaque)。齦下菌斑位於齦緣根向齦溝或牙周袋內，又可分為附著菌斑(attachedsubgingivalplaque)和非附著菌斑(unattachedsubgingivalplaque)。
齦溝獨特的環境條件有利於厭氧菌的聚集和生長。此外它還可以避開口腔內的機械清潔作用。在較淺的齦溝內，混合細菌主要為鏈球菌和放線菌。在牙周病變部位主要是革蘭陰性厭氧桿菌和能動菌如螺旋體。
附著菌斑是位於齦溝或牙周袋內附著於根面的齦下菌斑，主要由革蘭陽性球菌和桿菌組成，與齦下牙石的形成和根面齦有關。
非附著菌斑是齦下菌斑緊貼於上皮的疏鬆附著部分，主要由革蘭陰性菌和能動菌組成，與牙周病發生、發展關係密切。
(3)種植體周菌斑。生物膜不僅可以在天然牙表面形成，也可在暴露於口腔環境中的人工材料(如種植牙)上形成。目前還沒有對種植牙黏膜和種植牙周袋內菌斑結構全面、系統的研究報導，但以往的一些橫向和縱向觀察表明，齦炎與種植牙黏膜炎，牙周炎與種植牙周炎的菌斑構成相似。
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