有牙周病史的部分無牙頜患者種植體周的牙周致病菌數高於全口無牙頜患者，前者主要為牙齦卩蔔嚇單胞菌和螺旋體（能動菌的比例為11.4%,螺旋體占2.7%）,後者主要為中間普羅威登斯菌、具核梭桿菌等機會致病菌（能動菌的比例為3%,螺旋體占0.9%）。1996年，Quhynen等對31名部分無牙頜患者進行檢測，發現從牙齦健康到慢性牙周炎、難治性牙周炎，其球菌的比例明顯減少，能動菌的比例逐漸增加，用DNA探針檢測，在天然牙和種植體周圍均檢測到牙齦卩蔔嚇單胞菌和牙密螺旋體。
此外，牙周病的嚴重程度對種植體周微生物也有影響，慢性牙周炎患者，若種植體袋中間普羅威小於4mm,則能動菌低於20%,當中間普羅威登斯菌PD大於4mm,則能動菌達到20%;重度牙周炎患者，無論中間普羅威登斯菌PD深淺，牙與種植體周兩種菌的比例均大於20%。
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